Esto es lo que me ocurrió cuando intenté renovar mi certificado a través de la web de la FNMT utilizando para ello Mozilla Firefox.
Pulsamos renovar certificado y se genera un nuevo request de 1024 bits como se solicita (tambien he probado uno de 2048 que era lo que yo prefería).
Ahora pulsamos en firmar y el navegador nos presenta la siguiente solicitud de firma:
Metemos la clave y le damos a aceptar obteniendo el siguiente mensaje (nótese por el idioma que el mensaje lo genera la página de la FNMT y no el navegador, que no genera ningún error al firmar el mensaje).
Si a pesar del mensaje intentamos enviar la solicitud desde la segunda pantalla, la web de la FNMT nos vuelve a decir más o menos lo mismo:
Pues nada, tras mandar un par de correos a la FNMT han dado con el problema, resulta que cuando importé el certificado de la FNMT Clase 2 CA no autoricé su uso nada más que para identificar sitios web. Al parecer hace falta algún uso más cuando vas a firmar, supongo que correo, pero por si acaso habilité correo y fabricantes de software.
El resultado de los cambios de permisos sobre el certificado es que he podido solicitar la renovación sin problemas. Bien por la FNMT, un buen servicio, si señor. Muchas gracias.
Por cierto, según la FNMT si quieres descargarte su certificado raiz debes hacerlo aquí.